Husitské války však stejnou měrou poškozovaly celé území Čech a po jejich konci byla země do značné míry zplundrovaná. Ve 30. letech 15. století navíc přišlo několik silných mrazů a objevily se epidemie moru. Jen během několika měsíců roku 1439 například pomřelo na mor 51 tisíc lidí, což představovalo v tehdejší době významné procento populace. V dobových zprávách se dočítáme, že: „koho jed morní podjal, takový ležel a spal 3 dni a noci a jakž procitl, ihned k smrti pracoval". V Hradci v té době zemřelo 150 žáků, nepočítaje dospělé osoby.
V průběhu 15. století se již běžněji setkáváme se jmény majitelů dvorů a popluží v Plotištích, například roku 1450 to byl Petr z Plotišť, o něco později měšťané Kydlinové, v roce 1468 vlastnil tvrz i poplužní dvůr Řehoř z Plotišť atd. V roce 1488 se k 7. únoru odehrála „pře a ruoznice" mezi jakýmsi Vojslavem ze Skaličky a hradeckými měšťany o louku v Plotištích. Tento spor se pak táhl další rok a skončila smírnou dohodou. Roku 1495 byla kolem Hradce veliká povodeň, která poničila většinu úrody, a nastal další z mnoha hladomorů. Koncem století se o svá práva začínají hlásit vyšší stavové (páni a rytíři) a osobují si některé výsady. Roku 1498 se tak Hradec Králové dostává se šlechtou do sporu o vaření piva. Páni vařili ve vlastní režii na velkostatcích a zakazovali poddaným bráti pivo z městských pivovarů. Následovala neklidná léta rozbrojů, umocněných loupeživými nájezdy městského i panského vojska po vsích. Teprve roku 1517 byla sjednána Svatováclavská smlouva, řešící tyto nepříjemné a zdlouhavé spory.
Roku 1507 byla tak veliká úroda, že ceny obilí výrazně poklesly a „častokráte dražší pytel býval, než v něm obilí". O dva roky později však zachvátil město velký požár, který zničil 32 domů, faru, školu a dokonce také jednu věž kostela sv. Ducha i se zvony. Několik let nato však již Hradci stojí mlýn na prach, továrna na náboje, kusy a pušky. Jen roku 1516 zde bylo údajně vyrobeno 24 kusů děl. Dne 19. července 1536 Hradec opět vyhořel, tentokrát však mnohem důkladněji - stát zůstalo jen 25 domů a shořel i pranýř před radnicí, stojící poblíž kašny.
V této době (před rokem 1540) již měla dvůr v Plotištích Dorota Kydlinová. Mikuláš Kydlín zde roku 1538 udělal mlýn na struze, „kterou povolil obci hradecké vésti vodu na rybník Březhradský z Labe v Předměřicích". Je pravděpodobné, že původní „Kydlinov" stával na místě č. 31, 32, 78, 79 (údaje k roku 1938). Výsadní krčma je nynější hostinec „Na Velké" a cihelna - Součkova-Srdínkova, v níž se cihly pálily ještě primitivně v pecích na volném prostranství. Původní mlýn Kydlinov stával na Melonce, neboť v době jeho vzniku nebylo ještě velkého ani malého náhona. Melonka má název odvozen podle toho, že se její vodou dříve mlelo.
V roce 1547 se Hradec Králové připojil k dalším odbojným městům, která nevytáhla na pomoc habsburskému českému králi Ferdinandovi I. Město pak bylo potrestáno daněmi a odebráním privilegií i statků, včetně obce Plotišťské, která od 21. července přestala platit za „zboží hradecké". Hradec pak musel postupně skupovat někdejší majetek zpět, nikdy však již nedosáhl původního bohatství a někdejšího stavu majetku.
Dle královského povolení byl ve městě konán první trh o dobytku koňském 9. května roku 1580. Toho roku k nám byla také zavlečena chřipka či „nemoc španělská" ze sousedního Slezska. O rok později přisluhoval kněz Havel od sv. Anny ke kostelu sv. Petra, pod jehož duchovní správu patřili také obyvatelé Plotišť. Ti se 22. března roku 1583 tázali: „jakou vděčnost k správci duchovnímu, knězi Havlovi od sv. Anny, který jim slovem božím slouží, prokazovati mají". Odpovědí jim bylo, že mimo úcty jen „po korci žita anebo pšenice každý rok rádi dáti chtějí a nepřítomné k tomu námluvy". V té době byli obyvatelé Plotišť ještě utrakvisté (vyznávali pod obojí). V letech 1584 a 1586 ohrožovaly Plotiště další dvě epidemie moru, z toho druhá zachvátila sousední Předměřice nebývalou měrou.
4. listopadu roku 1588 prodala obec hradecká mlýn Kydlinovský do užívání panu Jiřímu Vosickému, mlynáři poddanému Rudolfu ze Stubenberka z Nového Hradiště nad Metují, za 4000 kop grošů českých. Podmínkou bylo, že se stane poddaným Hradce Králové. Zatímco roku 1590 bylo velké sucho a pro opadnutí vody na Labi nemohly pracovat ani mlýny, o rok později naopak udeřila „povodeň hrozná a nebývalá svatojánská". Lidem zvláště na Pražském předměstí tato voda „kamna pobrala, ploty zbořila a sklípky pod zemí podebrala", k obecné pohromě se přidalo také místní rabování.
Koncem 16. století opět hrozilo, že Turci vtrhnou od východu až na Moravu, proto byla po celém kraji sbírána hotovost. Stálým najímáním žoldnéřů však ubývalo osedlých obyvatel ve městech i vesnicích. Častými kontribucemi, sbírkami a povinnostmi vůči vojsku selský lid zchudl a ocitl se ve velmi špatném postavení. To ostatně trvalo i celou pozdější dobu, až do stavovského povstání a nešťastné bitvy na Bílé hoře 8. listopadu roku 1620. Následkem prohry byl mimo jiné také příchod jezuitů do Hradce Králové a po více než dvou staletích také přesun kostelů do rukou katolíků. Nad celou Evropou se však již stahovala mračna strašného konfliktu v podobě Třicetileté války...
„Nevzali jsme s sebou nic, po všem veta - jen bibli Kralickou, labyrint světa".
Třicetiletá válka byla ničivou událostí pro celou českou zemi, okolí Hradce Králové nevyjímaje. Po vypuknutí stavovského povstání v roce 1618 byly ihned vypsány nové berně a vyhlášena vojenská pohotovost. Zadlužené město a zchudlí občané si však nemohli dovolit platit kontribuci, proto si město vypůjčilo sumu 1500 kop. Hradečtí pak pravidelně posílali do měst pražských jak daně, tak i hotovost. Poddaných ani jejich majetku při vojenských akcích šetřeno nebylo - vždyť i soudobé přísloví pravilo „Když se vadí a rvou páni, nastavte vlasův, ubozí poddaní!" Zanedlouho byli ze země ve lhůtě 8 dnů vypovězeni také nenávidění jezuité.
Veškeré naděje českého odboje však skončily již 8. listopadu 1620 po trapně rychlé prohře stavovského vojska na Bílé hoře. 2. prosince museli hradečtí složit přísahu králi Ferdinandovi II. a odevzdat klíče od městských bran. Zanedlouho vkráčela do města soldateska, jejíž početní stavy se v následujících týdnech dále rozrůstaly. Po odchodu Němců však přišli Francouzi. Na usídlené vojáky přitom město těžce finančně doplácelo. V kraji se rozmáhalo bezpráví a výrazně se zvyšovala míra kriminality. Bezbranní obyvatelé byli často mučeni, aby vyzradili domnělé i skutečné úkryty pokladů. Koncem roku 1620 byl Hradec za trest zbaven všech statků, takže se vlastně opakovala konfiskace z roku 1547. Nezdařené selské povstání z roku 1621 stálo život zhruba 500 popravených sedláků a zhruba 600 uvězněných, kteří byli v žaláři hrozným způsobem mučeni.
Velikou nevoli obyvatel způsobila také násilná rekatolizace poddaných v hradeckém kraji po návratu jezuitů. Již během roku 1626 jim byl prakticky navrácen veškerý majetek, to však již nemohlo stačit. Podstatné byly také „duše" lidí, tedy obrácení obyvatel na jedinou pravou, tj. katolickou víru. Tento úkol však vyžadoval použití násilných donucovacích prostředků, ke kterému jezuité také plošně přistoupili. Drobná lokální povstání na tomto faktu nemohla nic změnit a byla většinou již v zárodku krvavě potlačena. V neklidné době ohromného válečného konfliktu byly pochopitelně jakékoliv ohledy nemyslitelné.
Přípisem ze dne 11. května 1628 byly Hradci Králové vráceny ty vesnice, které ještě nebyly prodány, a ze kterých muselo město skládat účty. Důvodem byla úžasná zadluženost města náklady na císařské vojsko a také fakt, že Hradec byl ručitelem za císaře Matyáše. Tyto statky byly od roku 1620 ve správě císařského rychtáře. Dle listu z 11. května byly vráceny „z císařské milosti na vychování kněžstva, žákovstva a chudých ve špitálech" dne 2. června vsi: Lochenice, Předměřice, Všestary, dvory kmetcí ve Světí, Lhota za šibenicí, Lhota Malšová, Kluky a některé další statky, rybníky a lesy. Navrácen byl také statek v Plotištích, dvůr podlužní a ves Plotiště s příslušenstvím, který předtím připadl králi manským právem na úkor dřívějšího majitele Mikuláše Kydlína. Po navrácení těchto majetků bylo dle nařízení krajských komisařů zaopatřeno také hradecké duchovenstvo - arciděkan například dostával 600 kop míšeňských, kaplan 100 kop; kromě toho také příděl obilí. Poddaným bylo kromě toho nařízeno, aby nepřijímali pod svou střechou nekatolíky. Rekatolizace postupně sílila a jejím výsledkem bylo na Hradecku i jinde značné utrpení nekatolického obyvatelstva.
Ve 30. letech 17. století se válka přesouvá do bezprostřední blízkosti Hradce Králové. Podle některých pramenů již v roce 1631 obléhají město Sasové, odtáhnou však bez úspěchu. V roce 1633 se mlýn Kydlinov ocitá v rukou řádu minoritů hradeckých. Představený řádu si v lednu tohoto roku stěžuje, že mlýn je obsazen vojáky a kvůli tomu váznou dodávky obilí. Je tedy zřejmé, že ani Plotiště nebyly ušetřeny dlouhodobého pobytu soldatesky. V následujících letech docházelo také ke vpádu švédských vojsk, která poctivě drancovala okolní krajinu. K tomu se například v roce 1635 přidaly ještě nebývale silné mrazy, kdy podle kronikáře pomírali i vlci a vojáci na pochodu. Ve stejném roce zemřel Jan Král z Plotišť, majitel „Dvorce", bývalého č. p. 55. Jeho dvůr přešel jako manský do majetku české komory i s 5 chalupami v Dolejších Plotištích. O rok později bylo úředně oznámeno uvedení řádu jezuitů do Hradce Králové a požadavek k urychlení stavby jejich koleje.