Rok 1637 byl velmi suchý a úroda špatná. Také císařské, saské i bavorské vojsko muselo až do jara zápasit s hladem. Ze stejného důvodu bylo vypraveno procesí studentů, „by Bůh hojným deštěm pole obveselil". Nepříznivé klimatické podmínky završil také pozdní mráz z 8. června, který značně poškodil obilí. V roce 1639 přibyl k hospodářství jezuitskému nově také dvorec v Plotištích. Ten byl již několik let zpustlý, jezuité jej však opravili. Válečné kontribuce a časté pobyty rekvírujících vojáků nicméně přinášely bídu i do Plotišť. Švédové pod velením „feldmaršálka" Bannera v Plotištích ve stejném roce pobrali velké množství úrody a protože nedostávali žold, byli živeni poddanským obyvatelstvem. Tři čtvrtě roku pustošili okolní krajinu a byli pány Hradce i jeho okolí až do 20. února, kdy byli vyhnáni vítězným císařským vojskem. Tím však utrpení obyvatel neskončilo, protože podle platných nařízení museli přispívat potravinovými příděly na vojsko. V Plotištích byla dlouhodobě ubytována část Kapounova regimentu.

V roce 1641 tento stav stále trval, císařské vojsko bylo rozloženo v hradeckém kraji. Král Ferdinand III. navíc vystoupil s požadavkem na vojenskou pomoc od stavů, ta se však setkala s velikým odporem. Bylo proto sáhnuto k razantnějším rekrutovacím opatřením a především ke zvyšování vojenských berní. Jen v roce 1642 připadlo na každého usedlého měšťana 12 zlatých a 5 krejcarů. Majetek jezuitů se však naopak rozrůstal. Následující válečná léta byla nikoliv překvapivě ve znamení obav z dalšího vpádu Švédů. Obyvatelé Plotišť i jiných okolních vsí byli nuceni opravovat šance, jelikož hradby byly kvůli válečným událostem let 1639 a 1640 značně poškozeny. V Plotištích však přesto řádili Švédové i Sasové ještě v letech 1643. Není proto divu, že mnohé dvorce a statky byly v následující době opuštěny. Ty poté koupilo město Hradec Králové a rozdělilo je mezi poddané, čímž se stalo držitelem značné části obce.

V roce 1645 opět řádily živly (silné vichřice) i nepřátelská vojska v podobě švédského generála Torstensona. Ještě mnohem později byla objevena švédská halapartna a měděná nádoba v mlýně Kydlinovském při kladení turbíny. Tento archeologický nález dosvědčuje přítomnost švédských jednotek přímo v Plotištích. Ve švédském vojsku se nacházeli také četní emigranti, kteří znali dobře místní krajinu i majitele statků. Zdá se, že na jejich popud byly některé statky ušetřeny, zatímco jiné byly vypáleny do základů (neboť nelze vyloučit vyřizování dřívějších osobních účtů).

Na počátku roku 1648 sice poničila část Hradce povodeň, v mezinárodní diplomacii se však blýskalo na lepší časy. V říjnu toho roku byl uzavřen Vestfálský mír, kterým definitivně skončila Třicetiletá válka. Tento konflikt způsobil strašné škody na majetku i lidských životech. Obyvatelstvo bylo mučeno a sdíráno z kůže jak cizími, tak i vlastním vojskem. Výsledek války navíc zklamal také naděje českých exulantů, kterým byl návrat do vlasti již s konečnou platností zapovězen.

Následky hrozné války byly pociťovány ještě dlouho. V roce 1650 byli nejen vyháněni nekatoličtí obyvatelé z celého Hradce i jeho zbídačeného okolí (například v Lochenicích zcela zpustl tamní mlýn), ale přidal se také mor. Při morové ráně se toho roku ke dni 15. července pořádalo slavné procesí ke cti svaté Rosálie za odvrácení moru, přičemž čtyři žáci nesli obraz svaté na nosítkách. Bylo při tom „vystřeleno několik děl na rynku a šancích a vojska zbroje v řadě před kaplí jezuitskou stojícího.“ Mor však neustával a po 30 obětech z řad žáků koleje byly uzavřeny školy a učitelé i mistři odesláni pryč z města. Odcházeli také měšťané, což svědčí o tragických rozměrech nákazy. Ještě v únoru roku 1651 byla situace špatná a podle dochovaných zpráv mnozí horlivci tloukli žebráky, opilce a trestali zahálečné lidi, kteří podle jejich mínění překáželi službě boží. Jezuité v té době výrazně rozšiřují své pole působnosti a rekatolizace obyvatelstva nabírá na obrátkách. Také purkmistr a konšelé hradečtí prohlásili, že na svých gruntech nebudou trpěti nekatolíky. Kdo nechtěl ještě více strádat, musel přijmout novou víru.

V poddané části Plotišť byl k roku 1651 rychtář, mladší rychtář, 2 konšelé, 7 sedláků, selka vdova, 6 chalupníků, 3 vdovy chalupnice, 5 zahradníků, krčmář, pazderník, 7 podruhů a 6 podruhyň. Celkem zde žilo 124 obyvatel.

V roce 1655 přišla hrozná povodeň, jakou už lidé nepamatovali. U města zbořila 5 mostů, dva dokonce i s mostnicemi a trámy. Na pražském předměstí poškodila povodeň značně cestu a na ostrově u mlýna malšovického se jezuitům utopilo množství domácího zvířectva (například 27 vepřů, 5 koňů a 7 skopců), proto svůj dvůr následně přemístili. Povodeň jen přispěla k válečným škodám a ještě v následujícím roce byl stav města i jeho okolí velmi špatný. Město bylo předluženo, což se promítlo také v cenách za pálení cihel, pivo apod.

V roce 1663 byla zahájena nová válka s Turky. Byly shromažďovány zásoby a každý desátý poddaný byl sbírán na vojnu. Ve stejném roce přidělil magistrát hradecký Plotištím řezníka. To se však nelíbilo městským řezníků, a tak „sešli se 28. září na šlachtě za městem, jich okolo 30 s flintami a hořícími provazy do Plotišť běželi, řezníka hanou a fackami pozdravili, vola málo před tím zabitého sami rozsekali, kusy sebou a nástroje odnesli.“

Roku 1671 byl majitelem mlýna Kydlinova Matyáš Švenda z Rosenthalu, císařský rychtář jaroměřský. Někdy před rokem 1689 ho nabylo zase město Hradec Králové, jemuž patřil zřejmě ještě roku 1692. Je zapsán jako mlýn svobodný, poplatný městu Hradci Králové. Téhož roku se připomíná také pivovar ve Všestarech, založený páterem Quardianem od sv. Anny. Byla o něho vedená pře a měl být dokonce přemístěn do Plotišť.

13. října roku 1673 koupilo město Hradec Králové Benedův dvůr v Plotištích; smlouva o této koupi byla podepsána na zámku v Častolovicích. Někteří plotištští obyvatelé byli velmi štědří i k jezuitům. Například paní Anna Zuzana de Karmes, rozená Stiřová, odkazuje ze svého dvora částku a fundaci na 100 mší a přeje si být pohřbena v jezuitském kostele.

Od roku 1658 do roku 1675 bylo z Plotišť pokřtěno v kostele sv. Petra na Pražském předměstí (tehdy podměstí) celkem 225 dětí. Není jistě překvapivé, že šlo o znatelný nárůst oproti předchozím neklidním letům.

V roce 1680 vznikaly četné masové selské bouře, které hrozily přerůst v rozsáhlé povstání. Na mnoha místech se sedláci shromažďovali se zbraní v ruce a hodlali si právem vynutit mírnější životní podmínky (také Hradec ukládal poddaným veliké roboty, peněžité pokuty a tresty, předražoval sůl a panské sýry, nutil píti pouze své pivo a podobně). Z dnešního hlediska se životní podmínky poddaných skutečně rovnaly otrockému stavu. To se týkalo samozřejmě také plotišťských. Sankce za účast na povstání pak byly pochopitelně vysoké. Dopadení sedláci byli obvykle těžce ztrestáni. Mnoho jich zemřelo již při střetu s vojskem, stejně jako o necelé století později u Chlumce. Zajaté pak čekaly další těžké tresty. Stojí také za zmínku, že v roce 1680 se císař Leopold stáhl do Čech před morem, který zachvátil vídeňský dvůr. Zastavil se přitom také v Hradci Králové a na pražském předměstí byl uvítán oslavnou palbou z děl a pušek.

V závěru 17. století se rozhořel další velký střet s tureckým nepřítelem, který v roce 1683 dokonce oblehl (neúspěšně) Vídeň. Je jistě možné, že v tomto konfliktu obřích rozměrů bojovali také naverbovaní poddaní z Plotišť. Náklady na vedení války jako vždy pocítili především poddaní města a jeho širokého okolí. Například ještě v roce 1698 nebyl Hradec ušetřen neoblíbeného „ložírování“ vojska.

Ve stejném roce bylo ke 28. listopadu usneseno přenesení pivovaru z Všestar do Plotišť. Podklady již byly vyřízeny, ale k faktickému přesunu nikdy nedošlo. Pivovar měl stát zřejmě v prostoru dnešní restaurace „Na Velké“, podle písemných pramenů však není zřejmé, proč nakonec pivovar v Plotištích nevznikl. Tím se však již dostáváme k přelomu dalšího století, které bude ve znamení osvícenství a nově získané racionality, byť ještě v konvencemi notně omezené podobě…

Přestože válka s Turky skončila, klidu si obyvatelé Hradce i přilehlých obcí příliš neužili. Již roku 1701 vznikají spory o španělské dědictví po vymření tamní Habsburské větve; tyto spory povedou k další vleklé evropské válce. Stálé války, které neustávaly ani v 18. století, přitom vyžadovaly neúměrně vysoké náklady. Obyvatelstvo tak bylo nadále ochuzováno a prakticky vydíráno kontribucemi. Jen roku 1709 například zverbovali v Hradci Králové rovných 450 mužů. K tomu se přidala neúroda, tuhá zima a občasné záplavy, které počátkem století ztěžovaly život všem níže postaveným obyvatelům města i jeho okolí. Roku 1714, v době vrcholící války o dědictví španělské, vyhubil mor v Čechách přes 20 tisíc lidí a 1 994 735 kusů především hovězího dobytka. Mnohá hospodářství zůstala zcela zpustlá.